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El tipo de rocas y su disposición es muy importante porque condiciona muchos aspectos de la vida humana, mucho más en el pasado que actualmente. Los materiales y estructuras geológicas no rigen tan sólo las acumulaciones de minerales útiles o preciosos, sino también condicionan y determinan los manantiales de agua, las cuevas, la facilidad para las comunicaciones con regiones próximas.

Las distintas estructuras geológicas de la Reserva, están atravesadas de norte a sur por sus valles, dejando al descubierto en ocasiones minerales, tan curiosos como las piritas.

De entre los minerales de la Reserva destaca el sulfuro de hierro cristalizado conocido como pirita. Las piritas más famosas de La Rioja, se encuentran dentro de la Reserva, en la localidad de Navajún. Las piritas (link) de este yacimiento están consideradas las mejores del mundo por la perfección de sus cristales. Existe la posibilidad de realizar visitas guiadas

Otros yacimientos de piritas interesantes, se encuentran en Ambas Aguas, caracterizadas estas últimas por tener formas ovaladas y esféricas por agrupación de cristales, y en Zarzosa.

El empleo de estos minerales data ya de hace 2000 años, pues se han encontrado piritas en los mosaicos del yacimiento Contrebia Leukade en Aguilar. Su uso también estaba relacionado con supersticiones y como objetos de culto. Hoy en la Reserva de la Biosfera son motivo de explotación porque son comercializados como elementos de decoración o coleccionismo.
También destacan otros minerales. En el último siglo todavía se explotaban las minas de plomo de Santa Engracia o las de carbón de Grávalos, Villarroya, Turruncún, Préjano y Arnedillo. También en Rabanera, en pleno Valle del Leza-Jubera, podemos encontrar minas de cobre.

Zonas de minerales: Santa Engracia del Jubera, San Román de Cameros, Rabanera, Laguna de Cameros, Zarzosa, Préjano, Villarroya, Muro de Aguas y Navajún.