En la Reserva de la Biosfera de La Rioja se considera fundamental la interacción entre la sociedad y el medio ambiente para un desarrollo sostenible. Por otra parte, la normativa de la UNESCO establece que es necesario la creación de un órgano gestor para el correcto funcionamiento y desempeño de las funciones de la Reserva.

Debido a esto, en 2006 se creó la Junta Directiva de La Reserva de la Biosfera hoy adscrita a la Consejería de Agricultura, ganadería y Medio Ambiente, la Junta Directiva está compuesta paritariamente por representantes de la administración de la Comunidad Autónoma, por los municipios y asociaciones socioeconómicas que actúan en el ámbito de la Reserva, lo que favorece un enfoque global de su realidad, a la hora de la toma de decisiones.