El Instituto de Estudios Riojanos se estructura en los siguientes órganos:
Órganos de dirección
- Presidencia: D. José Luis Pérez Pastor
- Vicepresidencia: D. Roberto Iturriaga Navaridas
Consejo de Administración: Formado por los siguientes miembros:
Consejero de Cultura, Turismo, Deporte y Juventud: D. José Luis Pérez Pastor
Director General de Cultura: D. Roberto Iturriaga Navaridas
Director General de Innovación y Ordenación Educativa: D. Fabián Martín Herce
Gerente del IER: D. Óscar Robres Medel
- Directora Académica: D.ª Pepa Castillo Pascual
- Directora General de Turismo: D.ª Virginia Borges Valiente
- Rectora de la Universidad de La Rioja: D.ª Eva Sanz Arazuri
- Presidente de la Federación Riojana de Municipios: D. Jorge Loyo Mendoza
- Director de Fundación Vivanco: D. Santiago Vivanco Sáenz
- Gerente de Fundación Caja Rioja: D. Carlos Fuentes Ochoa
- Persona de reconocido prestigio: D.ª María Sonia San Román Olmos
- Persona de reconocido prestigio: D.ª María del Carmen Beltrán Falces

Consejo Académico: es el órgano de coordinación en materia académica. Orienta en lo referente a las publicaciones y se responsabiliza de la calidad de la investigación que el IER realice. Nombrado mediante resolución del Presidente, tras la correspondiente votación, está compuesto por:
- Directora Académica: D.ª Pepa Castillo Pascual
- Codirectoras del Área de Ciencias Naturales: D.ª Patricia Pérez Matute y D.ª María López Martínez
- Director del Área de Ciencias Sociales: D. David San Martín Segura
- Directora del Área de Filología: D.ª Rebeca Lázaro Niso
- Director del Área de Historia y Cultura Popular: D. Sergio Cañas Díez
- Directora del Área Patrimonio Regional: D.ª Teresa Cascudo García-Villaraco

Órganos académicos auxiliares
Consejos científicos y de redacción de las revistas
- Director de la revista Berceo: D. Francisco Javier Díez Morrás
- Directora de la revista Zubía: D.ª Carmen Amaia Ramírez Torres
- Director de la revista Belezos: D. Urbano Espinosa Ruiz
- Directoras de la revista Codal: D.ª Mónica Yoldi López y D.ª Lourdes Cacho Escudero
Órganos de participación y asesoramiento
Consejo Asesor: En el Consejo Asesor del IER están representados y participan las diferentes administraciones públicas, organizaciones y asociaciones representativas, entidades privadas y expertos de reconocido prestigio en las materias propias del Instituto de Estudios Riojanos.
- PRESIDENTE:Consejero de Cultura, Turismo, Deporte y Juventud: D. José Luis Pérez Pastor
- SECRETARÍA: Gerente del Instituto de Estudios Riojanos: D. Óscar Robres Medel
- VOCALES:
- En representación de los Centros de Investigación Riojanos: Rectora de la Universidad de La Rioja, D.ª Eva Sanz Arazuri
- En representación de los Grupos Parlamentarios: D.ª Begoña Martínez Arregui, Dª Ana Belén Martínez Sánchez, D. Ángel Alda Pérez, D.ª Henar Moreno Martínez
- En representación de las Asociaciones Culturales: D.ª Andrea Ruiz Arriet, D. José M.ª Peláez González, D. Federico Soldevilla Ágreda, D. Evelyn Pérez García
- En representación de la Federación de Empresarios de La Rioja: D. Eduardo Fernández Santolaya, D.ª Rocío Bazán Íñiguez, Manuel Alonso Lizarza
- En representación de las Asociaciones Sindicales: D.ª Isabel Blanco Marín, D.ª María Gloria Andrés Hurtado, D. Alejandro Vesga Fernández
- En representación de los Centros Riojanos: D. Miguel Ángel Pérez Ruiz
- En representación de la Cámara de Comercio, Industria y Servicios de La Rioja: D. Pablo Arrieta Villarreal