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El núcleo fundacional de la Biblioteca del IER procede del Archivo-Biblioteca de la antigua Diputación de Logroño, que transfirió al IER en 1973 la sección de Rioja de aquella Biblioteca, siendo en 1977 cuando se comenzó a procesar los fondos profesionalmente, al tiempo que se enriquecía con artículos referentes a La Rioja vaciados de revistas o congresos y se incrementaba con adquisiciones, donaciones o intercambios.

Posteriormente, en 1985, la Comunidad Autónoma de La Rioja, remitió al IER el resto de los fondos de carácter general de aquella Biblioteca-Archivo de la Diputación, de modo que volvían a reunirse los fondos primitivos.

Para la catalogación de los fondos, la Biblioteca del IER utiliza el programa de gestión bibliotecaria Absys y desde 2003 se ha integrado en la red de Bibliotecas de La Rioja.