Para la puesta en funcionamiento de la Presa del Yalde, en el año 2006, el Gobierno de La Rioja redactó el Plan de Emergencia, que da cumplimiento a la "Directriz básica de Protección Civil ante el riesgo de inundaciones", aprobada por Acuerdo del Consejo de Ministros de 31 de enero de 1995, y al "Reglamento Técnico sobre seguridad de Presas y Embalses", aprobado por Orden Ministerial de 12 de marzo de 1996.
El Plan de Emergencia contiene, con detalle, las actuaciones que deben ponerse en funcionamiento para afrontar las situaciones eventuales de emergencia. En este sentido, regula la organización de los recursos humanos y materiales necesarios para el control de los factores de riesgo que pueden comprometer la seguridad de la presa y para facilitar la puesta en disposición preventiva de los servicios y recursos que intervendrán en la protección de la población en caso de rotura o avería grave de la presa, mediante los sistemas de información, alerta y alarma establecidas.
El Plan de emergencia de la Presa de Yalde ha conllevado la disposición de los siguientes elementos de seguridad: