La Sección de Protección de Cultivos presta un servicio de vigilancia, prevención y lucha contra los agentes nocivos que pueden afectar a los cultivos agrícolas más importantes de La Rioja.

Entre sus funciones destaca el seguimiento de los agentes perjudiciales a los cultivos y la recomendación de los medios de lucha adecuados a través del Boletín de Avisos, así como la realización de campañas fitosanitarias, prospecciones sobre parásitos de cuarentena, expedición del carné de usuario profesional de productos fitosanitarios y las funciones derivadas del Registro Oficial de Productores y Operadores de Medios de Defensa Fitosanitarios (ROPO).

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