Todos los operadores productores y elaboradores están inscritos en el Registro de operadores de agricultura ecológica del CPAER. Las producciones obtenidas se comercializan con un logotipo numerado cuando va destinado al consumidor final o mediante un volante de circulación cuando se comercializa a través de otro operador inscrito.
La Dirección General con competencias en materia de calidad agroalimentaria ejerce las funciones de Autoridad Competente en materia de agricultura ecológica y Autoridad de Control dentro de la Comunidad Autónoma de La Rioja.
La Autoridad de Control se encarga de efectuar inspecciones, al menos una vez al año, a todos los operadores inscritos en el Registro de agricultura ecológica de La Rioja en base a la normativa europea.
La Autoridad de Control de Agricultura Ecológica de La Rioja solo emite el Certificado de Conformidad a aquellos operadores que superen los controles.
Cuando se detecta un producto con residuos de plaguicidas no se permite la comercialización haciendo uso de la mención "ecológico", "biológico", "orgánico", "eco" o "bio".
La Autoridad de Control realiza también las auditorias de inscripción de nuevos operadores.