El objetivo de cooperación territorial europea financia el 2,5% restante del gasto programado y se destina a proyectos transfronterizos e interregionales de cooperación, englobados en la llamada «Cooperación Territorial Europea», la cooperación transfronteriza mediante iniciativas locales y regionales conjuntas, así como la cooperación transnacional, que persigue un desarrollo territorial integrado y la cooperación y el intercambio de experiencia interregionales.
La población de zonas transfronterizas asciende a 181,7 millones de personas (el 37,5% de la población total de la Unión Europea), mientras que 1 de las 13 zonas de cooperación transnacional existentes abarca todas las regiones y todos los ciudadanos de la Unión Europea. Los 8.700 millones de euros (un 2,5% del total) disponibles para este objetivo se dividen como sigue: 6.400 millones de euros para cooperación transfronteriza; 1.830 millones de euros para cooperación transnacional y 445 millones de euros para cooperación interregional. Este objetivo se basa en la experiencia de la antigua iniciativa comunitaria: INTERREG.