El río Alhama y su afluente el Linares abarcan una buena parte del territorio de la Reserva. Es un valle accesible y, en general, con escasa pendiente lo que permite la presencia de cultivos tradicionales. Este valle fue una zona de intensa presencia humana durante los últimos 2000 años como así lo demuestra el poblado celtíbero de Contrebia Leukade en Aguilar y los abundantes castillos de origen árabe y cristiano.