De entre los minerales de la Reserva destaca el sulfuro de hierro cristalizado conocido como pirita. Las piritas más famosas de La Rioja, se encuentran dentro de la Reserva, en la localidad de Navajún. Las piritas de este yacimientoEste enlace se abrirá en una ventana nueva están consideradas las mejores del mundo por la perfección de sus cristales. Existe la posibilidad de realizar visitas guiadas. Otros yacimientos de piritas interesantes, se encuentran en Ambas Aguas, caracterizadas estas últimas por tener formas ovaladas y esféricas por agrupación de cristales, y en Zarzosa.