La Red de Autoridades Ambientales realiza encuentros monográficos donde se analiza y debate sobre la integración del medio ambiente en cada una de las políticas sectoriales, con objeto de buscar la estrategia que permita hacer realidad dicha finalidad en la definición y aplicación de los diferentes periodos de programación de los Fondos Europeos.

Estas Jornadas Temáticas son foros de intercambio de información, debate y discusión constructiva entre miembros de la Red y responsables de las distintas Administraciones, asociaciones, instituciones y empresas relacionados con distintas políticas y/o sectores.

En las Jornadas se suele abordar, en términos generales, la integración del medio ambiente en un determinado sector o política sectorial, o bien la problemática asociada a una determinada política transversal íntimamente relacionada con el medio ambiente.

Desde 1998 hasta el 2014 se han celebrado 32 Jornadas Temáticas en diversos puntos de la geografía española, coincidiendo con la celebración de las Reuniones Plenarias.