Son foros de debate centrados en políticas sectoriales concretas relacionadas con el medio ambiente y la financiación comunitaria. En ellos se desarrollan propuestas e ideas para la integración del medio ambiente en las políticas sectoriales que abordan. Suelen celebrar entre 2 y 3 reuniones anuales.Actualmente hay tres grupos de trabajo en funcionamiento en los que participa la DG de Calidad Ambiental

GT "Evaluación ambiental de los programas operativos y sus actuaciones"

Este grupo fue creado tras la 36ª Reunión Plenaria. Está coordinado por la Subdirección General de Evaluación Ambiental del MAGRAMA y por la Subdirección General de Programación Territorial y Evaluación de Programas Comunitarios del Ministerio de Hacienda y Administraciones Públicas. Su objetivo principal es desarrollar estrategias comunes para alcanzar el cumplimiento de las exigencias de la nueva programación 2014 -2020 en materia ambiental, a fin de maximizar las oportunidades de financiación destinada a las prioridades de inversión de carácter medio ambiental.

GT "Cambio Climático en la programación 2014-2020"

Este grupo fue constituido tras la 36ª reunión Plenaria, para dar respuesta a las necesidades establecidas por la concentración temática en economía baja en carbono prevista en la Programación 2014 – 2020 y para identificar las principales necesidades de España en materia de adaptación y mitigación al cambio climático y las oportunidades de financiación que para ello ofrecen los fondos comunitarios.Está coordinado por la Oficina Española de Cambio Climático y la DG de Desarrollo de Estrategia Económica y Asuntos Europeos de la Consejería de Empleo y Economía de la Junta de Comunidades de Castilla-La Mancha.

GT "Conservación de la Naturaleza y la Biodiversidad y Fondos Europeos"

Este grupo, creado tras la 38ª Reunión Plenaria está coordinado por la Fundación Biodiversidad y la Subdirección General de Administración del FEDER del Ministerio de Hacienda y Administraciones Públicas. Su objetivo es influir en las programaciones nacionales y regionales de los Fondos Europeos y de Inversión del periodo de programación 2014-2020, promoviendo la incorporación de las principales líneas de actuación establecidas en el Marco de Acción Prioritario para la financiación de la Red Natura 2000 en España.