a) Introducción de cangrejos alóctonos y afanomicosis del cangrejo

La enfermedad conocida como afanomicosis es aún la principal amenaza para la especie. La provoca el pseudohongo Aphanomyces astaci que, cuando entra en contacto con el cangrejo de río, causa la mortalidad de todos los ejemplares de la población. Los cangrejos rojo y señal también se ven afectados pero sobreviven y actúan como transmisores de la enfermedad, así que solo la presencia cualquiera de ellos causa la extinción del cangrejo de río.

b) Alteración del hábitat

La contaminación de ríos y balsas por productos fitosanitarios, aguas residuales o vertidos de explotaciones ganaderas deteriora la calidad de las aguas que habitan los cangrejos. Las sequías extremas, ya sean naturales o debidas a captaciones, las canalizaciones de arroyos o eliminación de vegetación de ribera también merman la capacidad de acogida del hábitat.

c) Baja variabilidad genética

La especie presenta en la península Ibérica una baja variabilidad genética lo que hace a la especie más vulnerable a los cambios ambientales.

d) Furtivismo

Además del propio impacto de la captura, el uso de materiales previamente empleados en aguas con afanomicosis puede introducir la enfermedad en tramos que habían quedado a salvo de ella y provocar mortandades masivas.

Categorías de amenaza

Especie "En Peligro de extinción" en el Catálogo Regional de Especies Amenazadas de la Flora y Fauna Silvestre de La Rioja "(Decreto 59/1998, de 9 de octubre) categoría para la que se debe elaborar y aprobar un Plan de Recuperación.