La Sección de Transferencia e Innovación Agraria tiene como objetivo el impulso de la experimentación agraria en La Rioja, canalizando las demandas e inquietudes del sector a través de las organizaciones profesionales agrarias, cooperativas y asociaciones, y estimulando la actividad agraria.

Este departamento se encarga del control y la certificación de semillas y plantas de vivero, gestiona las subvenciones para los contratos de campos demostrativos y realiza el seguimiento de las zonas vulnerables a la contaminación por nitratos agrícolas. Asimismo, representa a la Comunidad Autónoma de La Rioja en la Comisión Nacional de Bioseguridad (CNB) sobre organismos modificados genéticamente (OMG).